Quy trình, thủ tục miễn, giảm thuế TNDN

Trong kỳ tính thuế đầu tiên (năm 2025), thời gian hoạt động thực tế của công ty ông Bảo là dưới 12 tháng.

Căn cứ khoản 5 Điều 7 Nghị định số 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp nhỏ và vừa có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn, giảm thuế dưới 12 tháng trong kỳ tính thuế đầu tiên được lựa chọn: hưởng miễn, giảm thuế ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên; hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu hưởng miễn, giảm thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo.

Theo quy định trên, Công ty đã nộp thuế TNDN cho năm 2025 và gửi công văn đăng ký dời thời gian hưởng miễn thuế TNDN sang các kỳ tính thuế tiếp theo (2026, 2027, 2028). Tuy nhiên, khi làm việc với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, Công ty nhận được phản hồi rằng doanh nghiệp tự xác định thời gian hưởng miễn thuế và không cần nộp công văn.

Điều này khiến Công ty lo ngại rủi ro pháp lý về sau do không có văn bản xác nhận chính thức từ cơ quan thuế.

Ông Bảo hỏi, Công ty cần thực hiện thủ tục, quy trình nào để làm đúng quy định và bảo đảm căn cứ pháp lý sau này?

Về vấn đề này, Thuế Cơ sở 6 Thành phố Hồ Chí Minh có ý kiến như sau:

Căn cứ khoản 1 và khoản 3 Điều 7 Nghị định số 20/2026/NĐ-CP ngày 15/01/2026 của Chính phủ:

"Điều 7. Miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

1. Công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo theo quy định của Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo có thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo, đổi mới sáng tạo theo quy định của Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo và các văn bản hướng dẫn:

a) Được miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời hạn theo quy định tại khoản 1 Điều 10 Nghị quyết số 198/2025/QH15;

b) Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với thu nhập tại khoản này được tính liên tục từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo, đổi mới sáng tạo; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 03 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo, đổi mới sáng tạo thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư;

c) Phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo, đổi mới sáng tạo được miễn thuế, giảm thuế tại khoản này với thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh không được ưu đãi thuế khác. Trường hợp không hạch toán riêng được thì phần thu nhập từ hoạt động được ưu đãi thuế được xác định bằng (=) tổng thu nhập chịu thuế nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo trong kỳ tính thuế.

Trường hợp có khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng được thì khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ đó xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh hưởng ưu đãi thuế trên tổng doanh thu hoặc chi phí được trừ của doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo.

… 3. Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu:

a) Được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp được cấp trước thời điểm Nghị quyết số 198/2025/QH15 có hiệu lực thi hành mà còn thời gian áp dụng ưu đãi thì doanh nghiệp được hưởng ưu đãi theo quy định tại khoản này cho thời gian còn lại;

b) Quy định ưu đãi tại khoản này không áp dụng đối với:

b1) Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp;

b2) Doanh nghiệp thành lập mới mà người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất trong các doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể nhưng chưa được 12 tháng tính từ thời điểm giải thể doanh nghiệp cũ đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới;

b3) Thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15.

… 5. Trường hợp trong kỳ tính thuế đầu tiên mà doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, doanh nghiệp nhỏ và vừa quy định tại khoản 1 và khoản 3 Điều này có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế dưới 12 tháng thì được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế theo quy định tại Nghị định này ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo".

Căn cứ khoản 2 Điều 6 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 ngày 10/12/2026 của Quốc hội:

"Điều 6: Nguyên tắc quản lý thuế:

... 2. Người nộp thuế có nghĩa vụ nộp thuế, các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước theo quy định của luật thuế và quy định của pháp luật. Người nộp thuế tự xác định nghĩa vụ thuế, các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp, tự kê khai thuế, các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước và tự nộp thuế, các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về quản lý thuế và các quy định khác của pháp luật có liên quan, trừ trường hợp do cơ quan quản lý thuế tính thuế, khoản thu khác, thông báo thuế, khoản thu khác theo quy định của pháp luật".

Từ các căn cứ nêu trên, việc xác định đối tượng được hưởng ưu đãi áp dụng theo quy định tại Nghị định số 20/2026/NĐ-CP ngày 15/01/2026 của Chính phủ, Công ty TNHH Sốt Quốc Bảo căn cứ theo các quy định pháp luật có liên quan và tình hình kinh doanh thực tế của doanh nghiệp để xác định.

Các quy trình, thủ tục miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp thực hiện theo hướng dẫn tại Nghị định số 20/2026/NĐ-CP ngày 15/01/2026 của Chính phủ.

Thuế Cơ sở 6 Thành phố Hồ Chí Minh trả lời để doanh nghiệp được biết.