Thủ tục xử lý thuế nộp thừa khi cho thuê nhà

Ngày 1/2/2026, ông Ngọ đã nộp tờ khai mẫu số 01/TTS cho kỳ thanh toán từ ngày 1/1/2026 đến ngày 30/6/2026 với doanh thu 480 triệu đồng, đồng thời nộp đủ số tiền thuế 35,5 triệu đồng (gồm 24 triệu đồng thuế GTGT và 11,5 triệu đồng thuế TNCN).

Ngày 29/4/2026, Chính phủ ban hành Nghị định số 141/2026/NĐ-CP nâng mức doanh thu không phải nộp thuế GTGT và thuế TNCN lên 1 tỷ đồng/năm, áp dụng từ ngày 1/1/2026. Mặc dù theo quy định, số thuế 35,5 triệu đồng đã nộp thuộc diện được xử lý bù trừ hoặc hoàn trả, nhưng khi tra cứu trên hệ thống eTax, hệ thống vẫn chưa hiển thị số nộp thừa,

Ông Ngọ hỏi, ông có bắt buộc phải nộp tờ khai bổ sung lần 2 trên mẫu số 01/TTS để điều chỉnh doanh thu tính thuế, thuế GTGT và thuế TNCN của kỳ này về 0 thì hệ thống mới ghi nhận số nộp thừa hay không? 

Về quy định tại khoản 2 Điều 8 Thông tư số 18/2026/TT-BTC (nội dung quy định trường hợp đã kê khai, nộp thuế theo Thông tư số 40/2021/TT-BTC thì không điều chỉnh lại), quy định này có áp dụng cho trường hợp của ông hay không? Nếu có, ông phải thực hiện thủ tục gì để số thuế đã nộp được ghi nhận là nộp thừa?

Trường hợp phải khai bổ sung, hệ thống eTax hiện nay còn cho phép khai bổ sung trên mẫu số 01/TTS cũ hay ông phải chuyển sang kê khai theo mẫu số 01/BĐS mới?

Trường hợp bắt buộc phải nộp hồ sơ trực tiếp, hồ sơ đề nghị hoàn thuế gồm những giấy tờ gì? Thời điểm ông được nộp văn bản đề nghị hoàn thuế là ngay bây giờ hay phải chờ đến khi kết thúc kỳ thanh toán còn lại từ ngày 1/7/2026 đến ngày 31/12/2026 (hạn nộp đến 31/1/2027)? Thời gian giải quyết thủ tục hoàn thuế là bao lâu?

Về vấn đề này, Thuế cơ sở 12 Thành phố Hồ Chí Minh có ý kiến như sau:

Về việc kê khai thuế, căn cứ khoản 2 Điều 12; khoản 3 Điều 18 Nghị định số 68/2026/NĐ-CP ngày 5/3/2026 của Chính phủ quy định về chính sách thuế và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh:

"Điều 12. Xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

… 2. Trường hợp hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân đối với hoạt động kinh doanh nhưng có doanh thu thực tế phát sinh của năm từ 500 triệu đồng trở xuống thì thực hiện xử lý bù trừ, hoàn trả, hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách theo quy định của pháp luật quản lý thuế đối với số thuế nộp thừa.

… Điều 18. Điều khoản chuyển tiếp

… 3. Đối với các hợp đồng cho thuê bất động sản phát sinh trước thời điểm ngày 01 tháng 01 năm 2026 và thời hạn còn lại của hợp đồng trên 06 tháng nếu đã nộp thuế giá trị gia tăng, thu nhập cá nhân thì được điều chỉnh mức doanh thu không chịu thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 1 Điều 3, mức doanh thu không phải nộp thuế thu nhập cá nhân quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định này, trường hợp mức doanh thu còn lại trên 500 triệu đồng thì thực hiện nộp thuế theo quy định tại Nghị định này và được xử lý tiền thuế đã nộp theo quy định tại Điều 12 Nghị định này (nếu có)…".

Căn cứ khoản 1 Điều 1 Nghị định số 141/2026/NĐ-CP ngày 29/4/2026 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 68/2026/NĐ-CP quy định về chính sách thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và Nghị định số 320/2025/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN:

"Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 68/2026/NĐ-CP ngày 05 tháng 3 năm 2026 của Chính phủ quy định về chính sách thuế và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh

1. Sửa đổi cụm từ "500 triệu đồng" thành "01 tỷ đồng" tại Điều 3, Điều 4, khoản 1 Điều 8, Điều 9, Điều 10, khoản 3 Điều 11, khoản 1 và khoản 2 Điều 12, khoản 4 Điều 17, khoản 3 Điều 18 Nghị định số 68/2026/NĐ-CP".

Căn cứ khoản 1, khoản 2 Điều 8 Thông tư số 18/2026/TT-BTC ngày 5/3/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về hồ sơ, thủ tục quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh:

"Điều 8. Điều khoản chuyển tiếp

1. Đối với trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 18 Nghị định số 68/2026/NĐ-CP ngày 05/03/2026 của Chính phủ thì được khai điều chỉnh theo Tờ khai thuế đối với hoạt động cho thuê tài sản Mẫu số 01/TTS ban hành kèm theo Thông tư số 40/2021/TT-BTC ngày 01 tháng 6 năm 2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh theo doanh thu chịu thuế thực tế phát sinh trong năm 2025 và khai doanh thu năm 2026 theo Tờ khai thuế đối với hoạt động cho thuê bất động sản Mẫu số 01/BĐS ban hành kèm theo Thông tư này.

2. Đối với trường hợp đã kê khai, nộp thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 40/2021/TT-BTC thì không điều chỉnh lại. Trường hợp chưa khai thuế thì thực hiện theo hồ sơ, thủ tục quy định tại Thông tư này và không bị xử phạt".

Xử lý tiền thuế nộp thừa và hồ sơ hoàn trả

Căn cứ Điều 42; khoản 6, 7 Điều 56 Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài Chính quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế:

"Điều 42. Xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp, nộp thừa

1. Đối với số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp, nộp thừa (sau đây gọi chung là khoản đã nộp, nộp thừa) có mã định danh khoản phải nộp (ID) thì cơ quan thuế thực hiện thanh toán với số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ (sau đây gọi là khoản nợ) hoặc số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt phát sinh phải nộp của lần tiếp theo (sau đây gọi là khoản thu phát sinh) theo mã định danh khoản phải nộp (ID).

… 3. Người nộp thuế có số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi chung là khoản nộp thừa) sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại khoản 1, khoản 2 Điều này mà không còn khoản nợ thì người nộp thuế được gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả theo quy định tại mục 2 Chương V Thông tư này.

... Điều 56. Hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa

… 6. Trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân nộp thừa cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, cơ quan thuế căn cứ vào thông tin trên hồ sơ khai thuế để thực hiện thủ tục hoàn nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định. Người nộp thuế không phải nộp hồ sơ hoàn nộp thừa đến cơ quan thuế.

7. Hồ sơ hoàn nộp thừa các loại thuế và các khoản thu khác (bao gồm cả hoàn nộp nhầm): Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/ĐNXLNT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này".

Về thời hạn giải quyết, căn cứ Điều 31 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế:

"Điều 31. Thời hạn tiếp nhận, giải quyết và phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế của cơ quan quản lý thuế

1. Thời hạn tiếp nhận, phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế:

a) Cơ quan quản lý thuế có thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ của người nộp thuế;

b) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế đồng thời là hồ sơ khai thuế thì thông báo tiếp nhận hồ sơ khai thuế là thông báo tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế…".

Căn cứ các quy định nêu trên, đề nghị ông Nguyễn Xuân Ngọ căn cứ thực tế việc kê khai, nộp thuế và đối chiếu với các quy định trên để thực hiện theo quy định. Trường hợp còn vướng mắc, ông vui lòng liên hệ Thuế cơ sở 12 TPHCM – Tổ Quản lý, hỗ trợ cá nhân, hộ kinh doanh số 1 (địa chỉ: Số 282B, Nguyễn Ảnh Thủ, phường Tân Thới Hiệp, TPHCM) để được hỗ trợ.